本文摘要：（原标题：计算机如何辅助抗病毒药物研发）很多人以为，药物的研发只有在穿著白大褂的实验室里可以做到。近年来，随着计算机硬件、专业软件的发展，计算机辅助药物设计的方法已日益成熟期，其应用于很大地减缓了新药研发的速度与效率，已沦为现代药物研发的常规方法之一。依赖这样的技术，研发人员即便足不出户，也能为找寻化疗此次病毒感染的潜在药物上贡献自己的力量。找寻关键蛋白质蛋白质是生命的物质基础，是构成细菌、病毒及动植物的一切细胞、的组织的最重要成分。

（原标题：计算机如何辅助抗病毒药物研发）很多人以为，药物的研发只有在穿著白大褂的实验室里可以做到。近年来，随着计算机硬件、专业软件的发展，计算机辅助药物设计的方法已日益成熟期，其应用于很大地减缓了新药研发的速度与效率，已沦为现代药物研发的常规方法之一。依赖这样的技术，研发人员即便足不出户，也能为找寻化疗此次病毒感染的潜在药物上贡献自己的力量。找寻关键蛋白质蛋白质是生命的物质基础，是构成细菌、病毒及动植物的一切细胞、的组织的最重要成分。

各类功能性蛋白质在机体中各司其职，维系着整个机体的长时间运转。以病毒为事例，病毒是由核酸（DNA或RNA）与蛋白质包含的非细胞形态，介于生命体与非生命体之间，无法自我复制与交配，必须宿主在活的宿主细胞内，依赖宿主细胞的原料、能量供给与场所，已完成自我的拷贝与获释。病毒的生命周期必须经历导电、入侵、脱壳、生物合成、装配和获释等六大步骤，病毒的各类功能性蛋白在这些步骤中分工具体、高度协作，才能已完成从病毒感染宿主细胞到拷贝病毒的整个周期。

目前，研究人员已从新型冠状病毒（2019-nCoV）中分离出orf1ab，S，E，M，N等10条基因组序列，各自编码适当的病毒蛋白。通过与同为冠状病毒的SARS病毒转换，我们可以合理地推断出有新型冠状病毒基因编码的各类蛋白质的功能。举例来讲，如，orf1ab基因编码orf1ab核苷酸蛋白，参予病毒RNA的mRNA与拷贝，并具备蛋白酶、甲基转移酶等多个功能；S基因编码冠状病毒的表面糖蛋白，也称作棘突蛋白，通过与人体内的ACE2蛋白质融合，必要细胞内病毒对宿主细胞的病毒感染及融合，这类蛋白如同日冕般产于在病毒的包膜上，“冠状病毒”由此故名。

这些功能性蛋白质对病毒的病毒感染与拷贝充分发挥着最重要起到，分开或同时阻碍其中一个或多个蛋白质的功能，诱导其活性，之后能切断病毒感染宿主细胞或在宿主细胞内自我复制的进程，从而起着化疗的效果。计算机辅助药物设计的技术因此，一旦提供了病毒蛋白质的晶体结构，基于前期对其功能的理解，我们之后能利用计算机辅助药物设计的技术，针对性地找寻潜在的有效地药物。那么，网卓新闻网，这一过程是如何展开的呢？若是“以貌取物”的话，在以“平滑弹头帕”为美的今天，蛋白质表面坑坑洼洼，“长得”可觉得远比可爱。可恰是这些坑坑洼洼的空腔，才是确实暗藏玄机的地方。

以SARS病毒orf1ab核苷酸蛋白中的一段，3C-like蛋白酶，也称之为Mpro蛋白为事例。这一蛋白主要负责管理将核苷酸蛋白水解为功能性的多肽，以充分发挥其各自的功能。就只不过做到鱼的时候，用一把锐利的刀把整条鱼除鳞去干净，并分成鱼头、鱼身、鱼尾，分别以备炖汤、红烧、清蒸一样。

这一蛋白酶的活性位点，就只不过是这把菜刀的刀刃，藏身于蛋白质表面的空腔（口袋）中。检验或制备获得的具备生物活性的小分子可以很好地融合在这一活性位点的口袋中，从而诱导蛋白酶的活性，制止其将核苷酸蛋白切割成为功能性多肽，从而制止这些多肽在先前病毒的拷贝和病毒感染中充分发挥功能。就只不过充公了这把切鱼的刀，或者在刀刃上套了一层使其腐蚀的保护套，使其无法处置这条鱼，也就无法展开先前的烹调。

对每一个蛋白质，找寻具备令人满意的生物活性的分子的过程，就只不过是面临一把精美绝伦的锁住，必须寻找一把某种程度精美绝伦的钥匙，来与之密切与众不同。而计算机辅助药物设计所必须做到的，就是以高效和低成本的方式，去寻找这样一把合理的钥匙，即，基于对蛋白质功能的前期理解，及对蛋白质结构的系统分析，通过计算出来的方式，评估各类分子在蛋白质口袋中的融合强度和起到模式，从而检验或设计出有最有可能沦为蛋白功能抑制剂（或激动剂）的分子。计算机辅助药物找到意外的是，尽管近年来涉及技术飞速发展，但寻找这样一把精美绝伦的钥匙绝非易事。

一个新药从研发到上市往往必须消耗数十年的时间和数以十亿收的美金。但好消息是，总有这样几把锁住长得类似于，其钥匙可以标准化，就像艾滋病蛋白酶的抑制剂有可能可以起到于冠状病毒的蛋白酶，负责管理埃博拉或流感病毒RNA拷贝的RNA单体酶抑制剂有可能可以起到于冠状病毒的RdRp一样。

面临急性频发的疫情，从已上市或已在临床上的“杨家药物”中找寻适合的分子似乎比由头研发新的分子极具时间优势。运用计算机辅助药物设计，基于一种叫做分子接入的技术展开虚拟世界检验，我们可以模拟出每个“老药”分子在病毒蛋白质口袋中的融合构象，通过评分函数、自由能计算出来等方式评估其理论上的融合强度，从而分析该分子沦为潜在抑制剂的可能性。就只不过当我们未知“锁住”的结构时，运用这样的技术，可以不用逐自把每把钥匙都在锁孔里挂一遍来找寻能杠杆的那把。

通过计算机仿真分析的方式，检验出有最有可能关上锁住的几把钥匙，而后只对这几把钥匙展开测试就可以了。

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